Khi nhắc đến Ngũ Hành Sơn, một điểm đặc biệt đó chính là ngọn núi Thuỷ Sơn. Đây cũng là địa điểm thu hút nhiều khách du lịch nhất khi đến tham quan tại nơi đây. Ở ngọn Thuỷ Sơn, du khách có thể sẽ choáng ngợp trước khung cảnh thiên nhiên đặc sắc của nơi đây, du khách sẽ được chiêm ngưỡng toàn cảnh thành phố từ xa được bao quanh bởi những ngọn biển thơ mộng. Ngọn Thuỷ Sơn có những địa điểm đáng để tham quan như chùa Linh Ứng, động Huyền Không, vọng Giang Đài………
Động Huyền Không nằm trên đỉnh Thượng Thai, là một trong ba đỉnh của ngọn Thuỷ Sơn và cũng là đỉnh núi cao nhất trong dãy Ngũ Hành Sơn. Nơi đây là một điểm đến tâm linh kỳ ảo, nơi con người tìm về cội nguồn tâm hồn giữa vùng núi đá thiêng liêng.
Động Huyền Không là động lộ thiên, có vòm tròn và năm lỗ ở trên vòm để ánh sáng mặt trời tràn vào, làm cho cả động trở nên lung linh huyền ảo. Để đến được động Huyền Không, du khách cần phải bước xuống sâu khoảng 5m ở phía sau động Hoa Nghiêm.
Phía bên trong động cao nhất sẽ là tượng Phật Thích Ca và dưới tượng Phật sẽ là bàn thờ Phật Địa Tạng Vương Bồ Tát.
Phía bên trái động là đền thờ bà Ngọc Phi (bà Chúa Tiên) - du khách có thể cầu tài lộc; đền thờ bà Lồi Phi (Chúa Thượng Ngàn) - phù hộ bình an, mạnh khoẻ.
Phía bên phải có Trang Nghiêm tự (trước còn gọi là Chùa Tam Thế) mang nét cổ kính, linh thiêng. Trang Nghiêm Tự có ba gian: gian chính thờ Phật Quan Âm, gian tả (gian trái) thờ ba vị Thánh là Quan Công, Quan Bình và Châu Xương tượng trưng cho đức hạnh, trí dũng và lòng trung thành, gian hữu (gian phải) thờ Ông Tơ, Bà Nguyệt - nơi đây thường được những cặp uyên ương đến để cầu Nguyệt Lão se sợi tơ hồng hạnh phúc trăm năm.
Chùa Tam Thai là một ngôi chùa cổ được xem là quốc tự và di tích Phật giáo.
Do chiến tranh cũng như thời tiết khí hậu khắc nghiệt đã khiến chùa Tam Thai hư hại, xuống cấp và được sửa chữa, trùng tu nhiều lần.
Năm 1995, ngôi chùa được trùng tu, tôn tạo và được xây dựng bằng xi măng cốt sắt kiên cố, mặt xây về hướng nam, mái có hai tầng, lợp ngói âm dương, trên nóc trang trí hình “lưỡng Long chầu Nguyệt” và tượng tứ linh gồm Long, Lân, Quy, Phụng. Hiện nay, chùa Tam Thai thờ 4 vị thần: Phật A Di Đà, Quan Thế Âm Bồ Tát, Phật Thích Ca, Văn Thù Bồ tát và một số tượng Hộ Pháp, Tiêu Diện.
Để đến được Vọng Giang Đài, từ ngoài cổng Tam Quan chùa Tam Thai, du khách đi về bên phải khoảng 50m là đến Nhà Bia Vọng Giang Đài, được xây dựng vào những năm 90 của thế kỷ XX, theo lối kiến trúc cổ, gồm 04 cột trụ và mái lớp ngói âm dương.
Vọng Giang Đài hay còn gọi là đài ngắm sông, nằm phía sườn Tân Nam của ngọn Thuỷ Sơn. Đứng ở đây, du khách cố thể quan sát toàn cảnh các núi trong quần thể Ngũ Hành Sơn, được ngắm Làng đá mỹ nghệ nằm quanh chân các ngọn núi, những uốn khúc quanh co của dòng sông Cổ Cò cùng đồng ruộng,.. tạo lên một bức tranh thiên nhiên thơ mộng, hùng vĩ.
Đà Nẵng có 3 ngôi chùa Linh Ứng, đó là Chùa Linh Ứng ở Bà Nà Hills, Chùa Linh Ứng ở Bán đảo Sơn Trà và Chùa Linh Ứng ở Núi Ngũ Hành Sơn. Trong đó, Chùa Linh Ứng ở Ngũ Hành Sơn là ngôi chùa cổ kính nhất, xây dựng dưới thời vua Lê Hiển Tông năm 1940, thuộc top những ngôi chùa cổ nhất ĐN, do thầy Thích Thiện Nguyện xây dựng.
Ngôi chùa nằm dưới bóng của cây Di Sản, với niên đại hơn 600 năm tuổi ( hình ảnh Đức Phật tọa thiền dưới gốc cây) Theo sự tích, đây là cây đa được mọc ra từ mảnh vỡ của quả trứng ngày xưa con giao long để lại. Ngôi chùa còn có tên là Ứng Chân Tự. Tự là chùa, Ứng là ứng được, Chân là chân lý. Ứng Chân Tự là chùa cầu được ước thấy. Nhưng dân gian thường gọi là Chùa Non Nước.
Ngay phía bên hông Chùa Linh Ứng, nằm phía sau chánh điện, có một hang động được thiên nhiên tạo hóa ban tặng : Động Tàng Chơn
Bên trong Động Tàng Chơn, có một ngôi đền cổ phía trong thờ Bát Bột Kim Cương, Đức Phật Thích Ca Mâu Ni, Linh Sơn Thánh Mẫu. Mọi người hay đến đền thờ này để cầu duyên cầu nợ, cầu vợ cầu chồng, cầu trăm năm hạnh phúc.
Phía bên cạnh có một hang động nhỏ, là hang động Chămpa. Hang động này thờ thần Chămpa của người Chăm ngày xưa, đây là nơi cầu về chuyện vợ chồng, về sinh sôi nảy nở.
Hang dơi, thờ Phật A Di Đà.
Ngoài ra, bên trong động còn có một tượng Phật A Di Đà xây mới, do các nghệ nhân dựa trên hòn đá có hình dáng Đức Phật. Đằng sau có một tượng Phật Thích Ca Nằm Niết Bàn, tương truyền do công chúa nữ hoàng Ngọc Ngôn- em gái vua Minh Mạng khi xuống tóc đi tu thì đã cho tạc tượng.
Để vào được bên trong của Động Âm Phủ, ta phải đi qua Cầu Âm Dương, Sông Nại Hà. Có một bài thơ về Động Âm Phủ rằng :
Thăm Âm Phủ một lần em hiểu thấu
Chuyện Ta Bà, chuyện nghiệp chướng khổ đau
Thanh thản bàn chân nhẹ bước qua cầu
Dòng suối mát trôi bao điều phiền lụy…
(Thăm Động Âm Phủ)
Hang động này do thiên nhiên tạo hóa, nhưng sau này được xây dựng lại theo triết lý nhà Phật. Đây là một hang động được coi là dài nhất nằm dưới chân Thủy Sơn thuộc quần thể Ngũ Hành Sơn Đà Nẵng, hang động này là nơi mô tả lại các tầng địa ngục cõi âm với một cấu trúc khá phức tạp ăn sâu vào lòng núi. Khi tham quan, những hình tượng bên trong động Âm Phủ giúp chúng hiểu được một phần những gì diễn ra sau khi con người chết đi, cũng như là sự trừng phạt từ những tội lỗi của con người lúc còn sống. Đó như là lời cảnh tỉnh cho từng người tránh làm việc ác, hành thiện tích đức, nó cũng là một nét đẹp của văn hóa Á Đông cần được giữ gìn.
Vọng Hải Đài hay còn gọi là Đài ngắm biển nằm phía sườn đông của đỉnh Hạ Thai, cạnh Tháp Xá Lợi và chùa Linh Ứng. Đứng tại Vọng Hải Đài, du khách được thỏa sức ngắm cảnh trời biển bao la với bãi cát dài mịn bên dưới và ngoài khơi xa là đảo Cù Lao Chàm và xa hơn về phía bắc là bản đảo Sơn Trà nhô mình ra biển…